直貢早期有好幾位法王成就超凡絕倫，其中祖師吉天頌恭心子兼那札巴迥涅受任為帕摩竹巴的佛寺丹薩梯寺的住持，領導佛寺進入了新的全盛時期，並於1235年接任直貢法王。他以沉著而堅定的手腕領導教派度過艱難時期。當藏人反抗蒙古人的統治並且因而停止向其納貢時，成吉思汗之子亦為其繼承人窩闊台於西元1239年採取了可怕的懲罰性行動。蒙古軍隊燒毀了許多佛寺，其中包括在熱振寺殺害了五百名僧人並進軍接近直貢地區，直貢地區世俗事務的統治者因反抗而被囚禁殺害。據說，當札巴迥涅從直貢梯寺沖向蒙古軍隊時，有許多石頭從天而降，或許那隻是一場很大的冰雹。無論如何，他的勇敢介入，使藏人與蒙古人的得以達成和平協定。此次熱振寺受到的暴力攻擊明顯的對於直貢是個警訊，但直貢還是免於一場後果未知的沖突，並進而成為西藏中部的主要勢力。

貢噶堅贊，也就是後來的薩迦班智達與窩闊台的將軍闊端可汗締結了一款條約，條約中提及西藏接受蒙古的宗主權並且同意向其進貢。貢噶堅贊與西藏強鄰所簽訂的條約，並未受到祖國全體一致的支持，許多西藏貴族拒絕進貢的要求。1251年，蒙古軍以一場流血鎮壓戰勝了叛亂。

貢噶堅贊的侄兒兼繼承人八思巴成為忽必烈薛禪的宗教導師，1259年起忽必烈薛禪成為蒙古大汗，也就是後來的忽必烈大汗。當噶瑪噶舉想要贏得蒙古支援的野心失敗後，八思巴與蒙古密切的來往，使薩迦派在西藏取得了政治的領導地位。1275年，忽必烈可汗給予八思巴衛省、藏省，以及康巴、安多作為其封地。這些省分被分割成所謂的萬戶，理論上其行政管轄面積涵蓋一萬個家庭。1279年忽必烈在中國稱帝並建立了元朝，他封八思巴為“帝師”。於是此次經由皇帝任命宗教導師所形成的僧侶統治政權體制，成為了西藏的首例。

西藏貴族們之間開始煽動著一股抵抗，反對將國家變成封建制度封地這樣的轉變，特別是在與直貢噶舉、帕竹噶舉及噶瑪噶舉關系密切的西藏中部衛省及藏省地區。同時，蒙古部落彼此之間正忙著爭奪政權和封地財產。直貢在此之前就已提升了很大的影響力，根據記載甚至可以追溯到第五世法王　多傑札巴的統治時期，有大量的僧眾涌入直貢的佛寺。1259年蒙哥大汗死後，忽必烈汗的兄弟同時也是他的競爭對手旭烈兀成為直貢噶舉教派的保護者，他派遣了一小隊蒙古軍隊到直貢地區維護當地的平安和安全。

然而不久之後，敵對的蒙古軍隊彼此之間為了爭奪在西藏的領地而交戰，隨後演變成歷史上直貢派與薩迦派之間的戰爭。這並不是“宗教戰爭”，也不是經常被聲稱的藏傳佛教兩個教派之間的世仇，而是西藏中部有少數省分得到了敵對的蒙古軍的支持後，對忽必烈汗強加諸他們身上的封建統治，所試圖進行的反抗行為。實際的當地沖突聚焦在帕摩竹巴的佛寺丹薩梯寺的繼承權上。在此地，朗氏家族的各支族追求彼此分歧的利益，其中一個支族為薩迦派所支持，而另一支族則為直貢派所支持。戰爭於第七任法王　參傑札巴索南時爆發。1290年繼任法王　怒卻果多傑移喜時期，直貢梯寺被蒙古軍隊摧毀。在當地人看來，這場災難並非意料之外。多傑移喜法王在當時的亂世缺乏支援，因為他不是覺惹家族的族人而是努氏家族的族人，普遍的看法認為由一個不是覺惹家族的人來繼承直貢法座並不符合直貢祖師的願望。

在皇帝及薩迦派的支援下，直貢梯寺在第九任法王　迥倪巴多傑仁欽時期被重建。然而直貢梯寺在西藏數十年來行使的強大影響力消失了。多傑仁欽法王針對僧院的教育制定三種年度課程的規則：教派主要的佛法哲理的經典以及大乘佛教的基礎於春秋兩季傳授；大手印五支道於夏季傳授；冬季時，多傑仁欽法王僅穿著輕薄衣衫在直貢梯寺主寺外的大平臺上教授那洛六法。

西元十四世紀，帕摩竹巴在西藏中部取得了世俗的領導權。這邊指的帕摩竹巴並不是式微中同名的帕摩竹巴教派的成員，而是與帕竹教派有密切關系的朗氏家族的統治者們。該時期的核心人物是絳曲堅贊，他既是帕竹噶舉的僧侶也是一位老練的政治家，他將國家帶向更多的獨立自主，並且建立了新的政府體系。而絳曲堅贊的改革惡化了與直貢派之間的關系，導致直貢派與帕摩竹巴派之間的武裝沖突。直貢派在初期的勝利之後，被迫在戰場上承受了一些痛苦的敗仗，並與其達成協議，在衛藏北部接受帕摩竹巴的統治。絳曲堅贊過世之前，直貢巴成功地重新建立領土自治權。大約此時，在亞洲權力的平衡正發生了變化：元朝滅亡，明朝興起成為中國皇室。但蒙古人仍然維持著勢力，使得西藏及明朝皇帝都必須認真以對。

在這個紛亂的時期中，第十一任法王　兼那卻吉嘉波再次試圖提升直貢派的宗教水準。他重印了納塘甘珠爾及丹珠爾的新編版本。1373年格魯派的創始者宗喀巴從安多地區旅行來到直貢地區，並成為　卻吉嘉波法王的弟子。他的家族在距離佛寺40公裡外附近的村落定居。宗喀巴領受了直貢教法的那洛六法及　吉天頌恭所有的內、外教法。

改革時期 (1400-1615)

十五世紀，明朝認知到直貢巴的復興及其漸漸增加的影響力，並授與直貢法王尊敬的頭銜 -- 闡教王，此頭銜是被冊封為八個最重要的教派或佛寺的領導者。藏省的日喀則在這兩百年以來成為西藏的權力中心，先後由仁布及倉巴所統治。由於這兩個貴族都支持噶瑪巴，噶瑪噶舉進而成為當時最具有影響力的教派。

十六世紀初，品格卓越的兩位直貢噶舉法王　嘉旺貢噶仁欽及其繼承者　嘉旺仁欽彭措都留下了美名。嘉旺貢噶仁欽被認為是　吉天頌恭的轉世，發願提升宗教生活的品質。貢噶仁欽致力於傳授傳承與教法，也承諾復興閉關的傳統。他將許多涌入直貢的新弟子送到岡仁波齊山、扎日山和拉其雪山閉關修行。在他的指導下，直貢梯寺建立了五十個新的關房。藏文大藏經甘珠爾和丹珠爾以金、銀復寫在靛藍色紙章上，同時有兩百名抄經員共同參與製作直貢教派的完整教本。

直貢噶舉第十七任法王　仁欽彭措是一位偉大的改革者。在接受不同的教派傳承教法後，他將寧瑪派的教義、儀軌，及禪修全結合在傳統直貢噶舉教法中，因此開創、擴大直貢教義的方向。仁欽彭措在得忠山山谷的奇里楊宗洞穴中發現了貢巴楊薩伏藏教法。仁欽彭措是一位勤勉的作家，其著作受到寧瑪派高度的重視並被收錄在寧瑪密續集中。仁欽彭措的獨子　卻傑仁欽彭措是直貢噶舉第二十一任法王。當時強大的土默特蒙古統治者俺答汗與格魯派的索南嘉措結盟，此舉對西藏未來的歷史發展造成了決定性影響。這位蒙古統治者授予索南嘉措達賴喇嘛的尊稱，並給予他大量的特權。由於他之前的兩任在死後也被授予達賴喇嘛的稱號，因此索南嘉措成為了第三世達賴喇嘛。由於十六世紀晚期的許多武裝沖突，卻傑仁欽彭措法王將直貢宗寺擴建成為一堡壘。

教派中之最高領導者繼承的第一階段終止於　卻傑仁欽彭措法王的兒子們。他的長子那洛札西彭，亦稱為那洛尼巴，繼承直貢法座；而另一位較年幼的兒子　噶旺秋古汪卻被認證為第六世夏瑪巴。兩位最年幼的兒子　嘉旺昆秋仁欽和　昆欽仁津卻扎成為直貢法座的最後繼承人，覺惹家族的傳承便隨他們而終止。昆秋仁欽法王圓寂後，直貢巴隨即開始尋找他們法座持有者的轉世。兩位法脈持有者的這一個系統被建立起來了，這系統是指年長的兄長(澈贊)和年幼的兄弟(瓊贊)法王。在直貢編年史中，昆秋仁欽被認為是第一世澈贊法王，仁津卻扎則為第一世瓊贊法王。兩位法王均擁有直貢薑貢的頭銜。