直贡早期有好几位法王成就超凡绝伦，其中祖师吉天颂恭心子兼那札巴迥涅受任为帕摩竹巴的佛寺丹萨梯寺的住持，领导佛寺进入了新的全盛时期，并于1235年接任直贡法王。他以沉着而坚定的手腕领导教派度过艰难时期。当藏人反抗蒙古人的统治并且因而停止向其纳贡时，成吉思汗之子亦为其继承人窝阔台于西元1239年采取了可怕的惩罚性行动。蒙古军队烧毁了许多佛寺，其中包括在热振寺杀害了五百名僧人并进军接近直贡地区，直贡地区世俗事务的统治者因反抗而被囚禁杀害。据说，当札巴迥涅从直贡梯寺冲向蒙古军队时，有许多石头从天而降，或许那只是一场很大的冰雹。无论如何，他的勇敢介入，使藏人与蒙古人的得以达成和平协定。此次热振寺受到的暴力攻击明显的对于直贡是个警讯，但直贡还是免于一场后果未知的冲突，并进而成为西藏中部的主要势力。

贡噶坚赞，也就是后来的萨迦班智达与窝阔台的将军阔端可汗缔结了一款条约，条约中提及西藏接受蒙古的宗主权并且同意向其进贡。贡噶坚赞与西藏强邻所签订的条约，并未受到祖国全体一致的支持，许多西藏贵族拒绝进贡的要求。1251年，蒙古军以一场流血镇压战胜了叛乱。

贡噶坚赞的侄儿兼继承人八思巴成为忽必烈薛禅的宗教导师，1259年起忽必烈薛禅成为蒙古大汗，也就是后来的忽必烈大汗。当噶玛噶举想要赢得蒙古支援的野心失败后，八思巴与蒙古密切的来往，使萨迦派在西藏取得了政治的领导地位。1275年，忽必烈可汗给予八思巴卫省、藏省，以及康巴、安多作为其封地。这些省分被分割成所谓的万户，理论上其行政管辖面积涵盖一万个家庭。1279年忽必烈在中国称帝并建立了元朝，他封八思巴为“帝师”。于是此次经由皇帝任命宗教导师所形成的僧侣统治政权体制，成为了西藏的首例。

西藏贵族们之间开始煽动着一股抵抗，反对将国家变成封建制度封地这样的转变，特别是在与直贡噶举、帕竹噶举及噶玛噶举关系密切的西藏中部卫省及藏省地区。同时，蒙古部落彼此之间正忙着争夺政权和封地财产。直贡在此之前就已提升了很大的影响力，根据记载甚至可以追溯到第五世法王　多杰札巴的统治时期，有大量的僧众涌入直贡的佛寺。1259年蒙哥大汗死后，忽必烈汗的兄弟同时也是他的竞争对手旭烈兀成为直贡噶举教派的保护者，他派遣了一小队蒙古军队到直贡地区维护当地的平安和安全。

然而不久之后，敌对的蒙古军队彼此之间为了争夺在西藏的领地而交战，随后演变成历史上直贡派与萨迦派之间的战争。这并不是“宗教战争”，也不是经常被声称的藏传佛教两个教派之间的世仇，而是西藏中部有少数省分得到了敌对的蒙古军的支持后，对忽必烈汗强加诸他们身上的封建统治，所试图进行的反抗行为。实际的当地冲突聚焦在帕摩竹巴的佛寺丹萨梯寺的继承权上。在此地，朗氏家族的各支族追求彼此分歧的利益，其中一个支族为萨迦派所支持，而另一支族则为直贡派所支持。战争于第七任法王　参杰札巴索南时爆发。1290年继任法王　怒却果多杰移喜时期，直贡梯寺被蒙古军队摧毁。在当地人看来，这场灾难并非意料之外。多杰移喜法王在当时的乱世缺乏支援，因为他不是觉惹家族的族人而是努氏家族的族人，普遍的看法认为由一个不是觉惹家族的人来继承直贡法座并不符合直贡祖师的愿望。

在皇帝及萨迦派的支援下，直贡梯寺在第九任法王　迥倪巴多杰仁钦时期被重建。然而直贡梯寺在西藏数十年来行使的强大影响力消失了。多杰仁钦法王针对僧院的教育制定三种年度课程的规则：教派主要的佛法哲理的经典以及大乘佛教的基础于春秋两季传授；大手印五支道于夏季传授；冬季时，多杰仁钦法王仅穿着轻薄衣衫在直贡梯寺主寺外的大平台上教授那洛六法。

西元十四世纪，帕摩竹巴在西藏中部取得了世俗的领导权。这边指的帕摩竹巴并不是式微中同名的帕摩竹巴教派的成员，而是与帕竹教派有密切关系的朗氏家族的统治者们。该时期的核心人物是绛曲坚赞，他既是帕竹噶举的僧侣也是一位老练的政治家，他将国家带向更多的独立自主，并且建立了新的政府体系。而绛曲坚赞的改革恶化了与直贡派之间的关系，导致直贡派与帕摩竹巴派之间的武装冲突。直贡派在初期的胜利之后，被迫在战场上承受了一些痛苦的败仗，并与其达成协议，在卫藏北部接受帕摩竹巴的统治。绛曲坚赞过世之前，直贡巴成功地重新建立领土自治权。大约此时，在亚洲权力的平衡正发生了变化：元朝灭亡，明朝兴起成为中国皇室。但蒙古人仍然维持着势力，使得西藏及明朝皇帝都必须认真以对。

在这个纷乱的时期中，第十一任法王　兼那却吉嘉波再次试图提升直贡派的宗教水准。他重印了纳塘甘珠尔及丹珠尔的新编版本。1373年格鲁派的创始者宗喀巴从安多地区旅行来到直贡地区，并成为　却吉嘉波法王的弟子。他的家族在距离佛寺40公里外附近的村落定居。宗喀巴领受了直贡教法的那洛六法及　吉天颂恭所有的内、外教法。

改革时期 (1400-1615)

十五世纪，明朝认知到直贡巴的复兴及其渐渐增加的影响力，并授与直贡法王尊敬的头衔 -- 阐教王，此头衔是被册封为八个最重要的教派或佛寺的领导者。藏省的日喀则在这两百年以来成为西藏的权力中心，先后由仁布及仓巴所统治。由于这两个贵族都支持噶玛巴，噶玛噶举进而成为当时最具有影响力的教派。

十六世纪初，品格卓越的两位直贡噶举法王　嘉旺贡噶仁钦及其继承者　嘉旺仁钦彭措都留下了美名。嘉旺贡噶仁钦被认为是　吉天颂恭的转世，发愿提升宗教生活的品质。贡噶仁钦致力于传授传承与教法，也承诺复兴闭关的传统。他将许多涌入直贡的新弟子送到冈仁波齐山、扎日山和拉其雪山闭关修行。在他的指导下，直贡梯寺建立了五十个新的关房。藏文大藏经甘珠尔和丹珠尔以金、银复写在靛蓝色纸章上，同时有两百名抄经员共同参与制作直贡教派的完整教本。

直贡噶举第十七任法王　仁钦彭措是一位伟大的改革者。在接受不同的教派传承教法后，他将宁玛派的教义、仪轨，及禅修全结合在传统直贡噶举教法中，因此开创、扩大直贡教义的方向。仁钦彭措在得忠山山谷的奇里杨宗洞穴中发现了贡巴杨萨伏藏教法。仁钦彭措是一位勤勉的作家，其著作受到宁玛派高度的重视并被收录在宁玛密续集中。仁钦彭措的独子　却杰仁钦彭措是直贡噶举第二十一任法王。当时强大的土默特蒙古统治者俺答汗与格鲁派的索南嘉措结盟，此举对西藏未来的历史发展造成了决定性影响。这位蒙古统治者授予索南嘉措达赖喇嘛的尊称，并给予他大量的特权。由于他之前的两任在死后也被授予达赖喇嘛的称号，因此索南嘉措成为了第三世达赖喇嘛。由于十六世纪晚期的许多武装冲突，却杰仁钦彭措法王将直贡宗寺扩建成为一堡垒。

教派中之最高领导者继承的第一阶段终止于　却杰仁钦彭措法王的儿子们。他的长子那洛札西彭，亦称为那洛尼巴，继承直贡法座；而另一位较年幼的儿子　噶旺秋古汪却被认证为第六世夏玛巴。两位最年幼的儿子　嘉旺昆秋仁钦和　昆钦仁津却扎成为直贡法座的最后继承人，觉惹家族的传承便随他们而终止。昆秋仁钦法王圆寂后，直贡巴随即开始寻找他们法座持有者的转世。两位法脉持有者的这一个系统被建立起来了，这系统是指年长的兄长(澈赞)和年幼的兄弟(琼赞)法王。在直贡编年史中，昆秋仁钦被认为是第一世澈赞法王，仁津却扎则为第一世琼赞法王。两位法王均拥有直贡姜贡的头衔。